La supervivencia de la colonia de osos en el Pirineo se encuentra bajo una potencial amenaza debido a la consanguinidad entre los ejemplares actuales. La mayoría de estos animales son descendientes de pocos individuos fundadores, lo que genera preocupación por posibles enfermedades, malformaciones o una disminución de la natalidad.

En 2016, la Generalitat intentó mejorar la diversidad genética con la reintroducción del macho Goiat, pero el intento fue infructuoso. Tanto él como su única descendencia conocida fueron declarados muertos en 2024, tras desaparecer del seguimiento.

Una investigación reciente de la organización francesa Pays de l’Ours, titulada "El oso del Pirineo. La necesidad urgente de desactivar la bomba genética", alerta de que la consanguinidad ya está afectando la vitalidad de la población. El estudio indica que se ha reducido el tamaño medio de las camadas, pasando de 2,37 cachorros en casos de consanguinidad baja a 1,56 cuando esta es alta.

Ante estas conclusiones, Pays de l’Ours ha lanzado una campaña para promover nuevas reintroducciones que incrementen la diversidad genética de la especie en el Pirineo.

Por su parte, el departament de Territori de la Generalitat ha manifestado que, "de momento no hay indicios de problemas de consanguinidad". Reconocen que la población fundadora es reducida, lo que limita la variabilidad genética, y admiten un descenso importante en la reproducción el año pasado (8 cachorros de 6 hembras), pero lo atribuyen a un hecho puntual. La consejería subraya la importancia de realizar un seguimiento riguroso de la población para evaluar los resultados.