Fundado a partir de la colección cedida por el veterinario Francesc Darder en 1916, el centro ha evolucionado desde un gabinete de curiosidades decimonónico hasta un moderno espacio de difusión científica. El edificio, un antiguo convento en la placeta dels Estudis, alberga piezas que narran la relación de la ciudad con la naturaleza.
Entre sus fondos destacan los leones disecados, vinculados al Zoo de Barcelona, y una amplia colección de taxidermia que durante décadas fue el principal reclamo para los visitantes. Tras la reforma de 2007, el museo reorientó su discurso hacia la hidrogeología del Estanque de Banyoles, integrando la historia natural con el ecosistema local.
Darder era un personaje de su época, un naturalista con intereses poliédricos.
La institución también recuerda capítulos complejos de su trayectoria, como la presencia del bosquimano naturalizado, cuya retirada en los años noventa y posterior repatriación a Botsuana en el año 2000 marcó un hito en la museografía ética internacional.
