La gestión ineficiente de los 25 millones de metros cúbicos de purines anuales en Cataluña provoca que entre el 20% y el 35% del nitrógeno se lixivie hacia los acuíferos, especialmente en zonas de alta presión ganadera. Esta infiltración puede superar los 30 millones de kilos de nitrógeno anuales. Como resultado, la Unión Europea ha declarado más de 400 municipios catalanes como zonas vulnerables por superar reiteradamente el límite de 50 mg/l en aguas subterráneas, afectando la potabilidad del agua. El municipio de Ulldecona, en el Montsià, es uno de los que a menudo supera estos parámetros.

La denominada Bioeconomía, que promueve la reutilización y el reciclaje de materias orgánicas, es vista por algunos expertos como una forma de aumentar el extractivismo rural sin abordar la necesidad de Reducir el consumo energético y el exceso de residuos ganaderos. En el caso del biogás, se utiliza la excusa de solucionar el problema de los nitratos, pero el análisis del experto Joan Cunill apunta a que el nitrógeno permanece en el digestato al final del proceso, sin aportar una solución real.

Cunill también cuestiona la eficiencia energética de las plantas de biogás, señalando que la energía que consumen en el proceso representa aproximadamente el 30% de la que producen, haciendo precaria su justificación como energía renovable. Además, critica que muchas industrias ignoran las Medidas Técnicas Disponibles (MDT), utilizando filtros inadecuados y manteniendo balsas de vertidos abiertas, lo que provoca impactos odoríficos y atmosféricos considerables, como se ha observado en la planta Biogàs la Galera.