La gestió ineficient dels 25 milions de metres cúbics de purins anuals a Catalunya provoca que entre el 20% i el 35% del nitrogen es lixiviï cap als aqüífers, especialment en zones d'alta pressió ramadera. Aquesta infiltració pot superar els 30 milions de quilos de nitrogen anuals. Com a resultat, la Unió Europea ha declarat més de 400 municipis catalans com a zones vulnerables per superar reiteradament el límit de 50 mg/l en aigües subterrànies. El municipi d'Ulldecona, al Montsià, és un dels que sovint supera aquests paràmetres.
La denominada Bioeconomia, que promou la reutilització i el reciclatge de matèries orgàniques, és vista per alguns experts com una manera d'augmentar l'extractivisme rural sense abordar la necessitat de Reduir el consum energètic i l'excés de residus ramaders. En el cas del biogàs, s'utilitza l'excusa de solucionar el problema dels nitrats, però l'anàlisi de l'expert Joan Cunill apunta que el nitrogen roman al digestat al final del procés, sense aportar una solució real.
“"Les estratègies que ens venen tant d’organismes oficials com privats sobre el Biogàs són mitges veritats que estan embolcallades de Greenwashing."
Cunill també qüestiona l'eficiència energètica de les plantes de biogàs, assenyalant que l'energia que consumeixen en el procés representa aproximadament el 30% de la que produeixen, fent precària la seva justificació com a energia renovable. A més, critica que moltes indústries ignoren les Mesures Tècniques Disponibles (MDT), utilitzant filtres inadequats i mantenint basses d'abocaments obertes, la qual cosa provoca impactes odorífics i atmosfèrics considerables, com s'ha observat a la planta Biogàs la Galera.
