El període de govern municipal a Figueres entre els anys 2003 i 2007 va ser un escenari de grans debats i decisions que van generar un notable desgast polític. Un dels projectes més ambiciosos i polèmics va ser la reforma de l'Avinguda Nova Estació, concebuda com l'entrada principal a la ciutat per l'oest i eix de la "nova centralitat" arran de la confirmació de l'estació de TGV a Vilafant. L'aleshores alcalde, Joan Armangué, va impulsar aquesta iniciativa, tot i ser conscient de les reticències que podria generar per les expropiacions i compres de finques i habitatges que implicava.

La lentitud en l'arribada de l'alta velocitat a Figueres, amb retards atribuïts al govern de Zapatero (PSOE) i a previsions incomplertes de l'anterior ministre de Foment, Álvarez Cascos (PP), no va ajudar a calmar els ànims. La complexitat del projecte, que incloïa un túnel sota el castell, va ser un factor determinant en la pèrdua de l'alcaldia per part d'Armangué. Malgrat això, l'estació del TGV és considerada un èxit a curt termini, tot i les preocupacions sobre la continuïtat de la línia ferroviària actual pel pas de mercaderies perilloses, un aspecte no considerat en el debat inicial.

En l'àmbit polític, Esquerra Republicana de Catalunya (ERC) va superar per primera vegada en regidors a Convergència i Unió (CiU) a Figueres. Aquesta situació va propiciar un canvi en el lideratge de CiU, amb Santi Vila, ex-president de la secció local d'ERC, substituint Antoni Calvó com a portaveu a finals de 2005. Vila, que posteriorment assoliria l'alcaldia el 2007, va marcar distàncies amb el projecte de l'Avinguda Nova Estació, qualificant d'"error haver prioritzat la reforma de la Marca de l’Ham per davant del centre històric".

Un altre front obert va ser la gestió de residus. A principis de 2004, el comitè d'empresa de l'ajuntament va alertar sobre la duplicació del cost de la neteja des de la creació de l'empresa mixta Figueres Ecoserveis. Els treballadors van anunciar una vaga de recollida d'escombraries, jardineria i manteniment d'enllumenat entre el 28 d'abril i l'11 de maig, coincidint amb el període de Fires i el centenari del naixement de Salvador Dalí. La vaga es va aturar, però va generar un important desgast personal per a l'alcalde.

L'ambient laboral tens també es va manifestar en una polèmica amb el govern municipal per l'incompliment del conveni signat l'agost de 2000. Els treballadors reclamaven el pagament del complement de revisió de l'IPC, que l'ajuntament volia abonar com a complement de productivitat, amb un retard de 100 dies. Aquesta situació va culminar amb una protesta simbòlica l'abril de 2006, on els treballadors van lluir mitjons vermells en suport al secretari de l'ajuntament, Fernando González, que havia tingut problemes amb la policia i la justícia.