L'organisme, amb seu a Saragossa, és percebut des de les Terres de l'Ebre com una institució allunyada de la realitat del tram final del riu. Durant un segle, la planificació ha prioritzat el criteri econòmic, amb un 92% de la demanda d'aigua destinada a l'agricultura i la ramaderia, xifra que suposa més de 8.000 hm3 per a regar 925.000 hectàrees.
“"Aquell organisme que va néixer fa un segle per garantir la seguretat alimentària ha derivat en un sistema de producció agrària intensiva que amenaça l'ecosistema del Delta."
Un dels problemes més greus és la retenció de sediments als pantans. Segons els experts, els deltes s'estan formant actualment a la cua dels embassaments com el de Mequinensa, que ha perdut 200 hectòmetres cúbics de capacitat per la colmatació, en lloc de fer-ho a la desembocadura.
Des de la Generalitat de Catalunya, el director de Territori a l'Ebre, Miquel Alonso, assenyala la necessitat de millorar la coordinació amb l'Agència Catalana de l'Aigua (ACA) per agilitzar projectes estratègics afectats pel canvi climàtic i resoldre les 'zones grises' competencials entre la CHE i Costes.
