La institució té el seu origen en la donació que el veterinari i naturalista barceloní Francesc Darder i Llimona va fer a la ciutat l'any 1916. Des d'aleshores, l'edifici de la placeta dels Estudis ha custodiat peces singulars, des de col·leccions de taxidèrmia fins a objectes antropològics, sobrevivint a episodis històrics com les inundacions de 1932.
Darder era un naturalista amb interessos polièdrics, que tant criava lleons com es dedicava a la piscifactoria.
Entre les peces més icòniques destaquen els quatre lleons dissecats, un dels quals inclou el crani de la lleona Julieta, procedent del Zoo de Barcelona. Tot i que la taxidèrmia de l'època presentava limitacions, aquests exemplars han esdevingut un símbol per a generacions de banyolins que visitaven la sala de mamífers sota la custòdia de la família Marín.
L'any 2007, el museu va viure una transformació radical per centrar el seu discurs en l'hidrogeologia de l'Estany de Banyoles. Actualment, l'Espai Darder manté viva la memòria dels antics gabinets de curiositats, mentre que la planta superior explica el funcionament del sistema lacustre des de l'Alta Garrotxa fins a la sedimentació del travertí.
“"La taxidèrmia és una tècnica complexa, gens fàcil."
El museu també aborda el seu passat més polèmic amb referències al boiximà, l'home naturalitzat que va ser retirat de l'exposició el 1997 i repatriat a Botswana l'any 2000. Aquest llegat s'integra ara en una visió crítica sobre com les ciències naturals del segle XIX observaven l'anatomia humana.
