Aquesta nova tecnologia, fruit de la col·laboració amb la Universitat de Milà-Bicocca (Itàlia) i la Yale School of Medicine (USA), genera mapes detallats que revelen com les cèl·lules tumorals obtenen energia i nutrients segons la seva ubicació. L’estudi ha estat publicat a la revista Systems biology and applications.
Els tumors són ecosistemes complexos on cada cèl·lula cancerosa juga un rol definit per la seva expressió gènica. La seqüenciació espacial ja havia permès localitzar aquestes cèl·lules i les seves expressions gèniques. Ara, el mètode spatial Flux Balance Analysis (spFBA) va un pas més enllà, integrant aquesta informació genètica per inferir l'activitat metabòlica, com el creixement, la supervivència i l'expansió cel·lular.
“El nostre objectiu era entendre com influeix el lloc que ocupa cada cèl·lula dins del tumor en la seva manera d’obtenir energia i nutrients”, explica el Dr. Davide Maspero, investigador del CNAG i autor principal de l’estudi. “Ara podem integrar l’expressió dels seus gens per a inferir la seva activitat metabòlica, com el creixement, la supervivència i l’expansió cel·lular”.
Els mapes metabòlics resultants mostren, per exemple, quines regions tumorals consumeixen més glucòlisi per obtenir energia, quines destinen més recursos a la producció de biomassa o quines alliberen lactat. Aquesta informació és crucial per entendre les estratègies de proliferació, evasió immunitària i metàstasi, obrint la porta a futures teràpies més dirigides.
Les primeres anàlisis s'han centrat en càncer colorectal i renal. En el cas del càncer colorectal, els mapes van revelar una xarxa de cooperació metabòlica entre diferents regions del tumor, on unes produeixen lactat i altres el consumeixen per fabricar biomassa tumoral. En el càncer de ronyó, es va confirmar la heterogeneïtat del fenotip de Warburg, amb regions que produïen lactat fins i tot amb oxigen present.
L'equip ja treballa en una nova versió del programa spFBA per ampliar la seva compatibilitat amb més bases de dades de transcriptòmica espacial, facilitant així la seva adopció per altres centres de recerca i hospitals.
